厚生劳动省从各地劳动基准监督署统计调查了1633家企业，在其中的1209家企业中发现了各类违反法令、制度的现象，占被调查企业数的74%。调查发现，各类违法现象中，擅自延长劳动时间的事件最多，达573件，未付加班费或拒付加班费的事件有355件，寄宿宿舍过于简陋、缺乏安全保障等事件有155件，这些都违反了《劳动基准法》；补助、报酬过低的事件被发现159起，违反了《最低工资法》；缺乏健康诊疗、工作现场缺乏安全保护措施等事件被发现355起，违反了《劳动安全卫生法》。
日本企业以学习技术为由接收外国人研修生，但实际上让他们在恶劣的环境下作为“廉价劳动力”，被迫从事长时间单纯劳动，因此遭到了舆论的广泛批评。目前每年约有2000名外国人研修生来日后下落不明，由此也暴露出了该制度在管理体制方面存在问题。
因为来自中国的研修生多是在农村出身，不懂日本法令，缺乏自我保护意识。前几年，许多研修生在自己权益被侵害后，因为怕被送回国，只好忍气吞声，任企业主摆布。最终忍受不了企业过度压榨的研修生只好选择逃跑，沦为非法滞留者。而最近两年，许多研修生通过各种渠道了解到，企业有许多行为是违反日本相关法令的，研修生也有了一定的法律常识，有不少研修生会通过劳动基准监督署甚至法院来捍卫自身权益，这显示出在日外国人研修生、实习生自我保护意识逐渐增强，使得日本的研修生问题真正被表面化。
面对每年大量外国研修生和实习生问题被揭开，日本厚生劳动省从去年开始对研修生的工作、生活情况开始了全面调查，终于提出废除研修制度。不久前，厚生劳动省汇总出一份修正方案，就“外国人研修、技能实习制度”存在的工作环境恶劣和超低工资、侵犯人权等问题，作出了一定的反思，建议日本政府废除法律保护不充分的研修制度，统一为实习制度。厚劳省修正方案的内容包括：第一，废除为期1年的研修制度，统一实行实习制度，以便受各类法律保护；第二，实习结束时让实习生接受技能评估考试；第三，设定可判断与日本人同工同酬的标准。
但经济产业省于5月提出的报告书则表明，希望维持现有的“外国人研修、技能实习制度”，适当强化现有的规制及指导方针，与厚生劳动省修正案相对立。
另外，千叶县劳动局对雇用有按照该制度接收外国人研修、实习生来日的33个企业进行了调查，发现其中违反劳动基准法的企业多达94%，比2005年的85%增加了近10%。在千叶县内，2005年有实习生1330人，主要从事水产加工业和农业。
